คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เดิมเป็นภาควิชาวิศวกรรมศาสตร์ สังกัดวิทยาลัยอุบลราชธานี ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งวิทยาลัยอุบลราชธานี มหาวิทยาลัยขอนแก่น (ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 14 กันยายน พ.ศ.2530) ได้เปิดดำเนินการรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2531 ในสาขาวิศวกรรมเครื่องกลโดยฝากเรียนอยู่ที่คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่นไปพลางก่อน ต่อมาในปี พ.ศ. 2533 วิทยาลัยอุบลราชธานี ได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี พ.ศ. 2533 (ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2533) และต่อมาคณะวิศวกรรมศาสตร์ ได้รับการจัดตั้งอย่างเป็นส่วนราชการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 7 พฤศจิกายน 2534 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ทบวงมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2534 (ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ 2534)
    ในเบื้องต้นเมื่อปี พ.ศ. 2534 คณะวิศวกรรมศาสตร์ ประกอบด้วย 4 ภาควิชาและ 1 สำนักงาน คือ วิศวกรรมเกษตร วิศวกรรมเครื่องกล วิศวกรรมเคมี และวิศวกรรมอุตสาหการ และสำนักงานเลขานุการ (ประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่องการแบ่งส่วนราชการใน มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี พ.ศ. 2534 เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ.2534) ต่อมามีการตั้งภาควิชาเพิ่มเติมอีกหนึ่งภาควิชา คือ ภาควิชาวิศวกรรมวิศวกรรมไฟฟ้าและอิเล็กทรอนิกส์ (ประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่องการแบ่งส่วนราชการใน มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี พ.ศ. 2543 เมื่อวันที่ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2543) และเปลี่ยนภาควิชาวิศวกรรมเกษตรเป็นภาควิชาวิศวกรรมโยธา (ประกาศทบวงมหาวิทยาลัยเรื่องการแบ่งส่วนราชการใน มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2545 เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2545)
    ปัจจุบันคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี จัดการเรียนการสอนทั้งหมด 16 หลักสูตร ใน แบ่งเป็นปริญญาตรี 6 หลักสูตร และมีการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา (ปริญญาโท และเอก) ในสาขาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม วิศวกรรมเครื่องกล วิศวกรรมอุตสาหการ และวิศวกรรมโยธา รวม 10 หลักสูตร คณะวิศวกรรมศาสตร์ ตั้งอยู่ในพื้นที่การศึกษาของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ประกอบด้วย อาคารเรียน ห้องปฏิบัติการ รวม 7 หลัง พื้นที่ใช้สอย ได้แก่ ห้องเรียน ห้องปฏิบัติการ โรงประลอง ห้องสมุด และบริการสารสนเทศ ห้องพักอาจารย์ สำนักงาน และอื่น ๆ รวม 31,839 ตารางเมตร